Seu território foi habitado originalmente pelos índios tabajaras.
A primeira expedição portuguesa chegou por volta de 1604, liderada por Pero Coelho de Souza. Mais tarde, imigrantes atraídos pela terra fértil formaram o povoado às margens da Lagoa do Jacaré, chamado Jacaré.
Em 1884, um incêndio quase destruiu o vilarejo, que foi reconstruído e em 24 de agosto de 1915 elevado à categoria de município com o nome Ubajara, palavra tupi que significa “Senhor da Canoa”.
A lenda local fala de um cacique que habitava uma caverna e viajava de canoa, representado até hoje na bandeira municipal.
Ubajara é também palco de festas populares, arte e culinária que fazem da visita uma verdadeira imersão cultural.
Entre os destaques estão o Carnaval, o Festival do Maracujá, a Exposição Agropecuária e o Ubajunino.
A cidade ainda mantém viva a tradição do Reisado e da Paixão de Cristo encenada na Semana Santa.